Cumul agrément et déclaration CIR
Historiquement, une société qui détenait l'agrément Crédit d'Impôt Recherche (CIR) pouvait en parallèle déclarer son propre CIR, à condition de déduire des dépenses éligibles les sommes perçues en contrepartie des opérations de R&D qui lui avaient été confiées. C'est, en tous cas, ce que précisaient le Code Général des Impôts (article 244 quater B II d bis) et la doctrine (BOI-BIC-RICI-10-10-20-30, paragraphe 220) jusqu'en 2020. Cela avait pour effet d'obliger les organismes agréés à :
Inclure dans leur CIR les dépenses éligibles associées aux prestations de R&D qu'ils avaient revendu ;
Déduire du montant total des dépenses de R&D éligibles au CIR le montant des factures de ces prestations revendues.
Ces factures incluant évidemment une marge commerciale, l'entreprise se retrouvait avec un « CIR négatif » sur les opérations de R&D qu'elle avait revendu. Cet excédant à déduire venait, par conséquent et injustement, réduire les dépenses des autres opérations de R&D internes menées sur fonds propres. Une décision du Conseil d'Etat du 9 septembre 2020 (n° 440523) est venue mettre un terme à cette pratique. Il est aujourd'hui possible pour l'entreprise de :
Ne pas déclarer dans son CIR les dépenses associées aux opérations de R&D qui lui ont été confiées ;
Ne pas déduire du montant total de ses dépenses de R&D le montant des factures des prestations revendues ;
Et, donc, de ne déclarer que les opérations de R&D qu'elle a mené sur fonds propres.
Toutefois, certaines entreprises ne facturent pas la totalité des travaux de R&D qu'elles peuvent avoir mené sur un sujet. A ce titre, il convient d'être vigilant et d'être en capacité de distinguer très clairement :
La quote-part qui a été revendue, de celle qui a été menée sur fonds propres ;
Le rôle de chacune des sociétés (prestataire et donneur d'ordre) dans cette opération de R&D, afin de limiter la confusion aux yeux de l'Administration.
Un nouvel arrêt du Conseil d'Etat est récemment venu rappeler ce dernier point le 28 septembre 2022 (n°452461). En prévision d'un contrôle fiscal, nous préconisons donc aux entreprises concernées de :
Définir un argumentaire permettant de justifier et défendre les 2 points listés précédemment ;
Collecter les contrats, bons de commande, cahiers des charges, factures et livrables associés à ces prestations de R&D revendues.
Notez, par ailleurs, que ce n'est pas parce qu'une opération de R&D a permis d'obtenir ou renouveler un agrément CIR que son éligibilité sera indiscutable en cas de contrôle fiscal portant sur le CIR de la société. Une décision de la Cour administrative d'appel de Paris du 11 avril 2022 est ainsi venue rappeler que l'agrément CIR ne peut être qualifié de « prise de position formelle ».